Il Consiglio Scientifico e di Programmazione ha il compito di fissare le linee generali dell'attività del Museo, designare i direttori delle sedi e di approvare il programma e la relazione annuale sulle attività delle sedi ed è composto da:
- Carlo Alberto Ricci, Rappresentante del Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca, carloalberto.ricci02@gmail.com
- Ester Colizza, Delegata del Rettore dell’Università di Trieste, colizzae@units.it
- Gianguido Salvi, Delegato del Rettore dell’Università di Trieste, gsalvi@units.it
- Stefano Schiaparelli, Delegato del Rettore dell’Università di Genova, stefano.schiaparelli@unige.it
- Giorgio Bavestrello, Delegato del Rettore dell’Università di Genova, giorgio.bavestrello@unige.it
- Rosaria Palmeri, Delegata del Rettore dell’Università di Siena, rosaria.palmeri@unisi.it
- Gianluca Cornamusini, Delegato del Rettore dell’Università di Siena, gianluca.cornamusini@unisi.it
- Silvano Onofri, Presidente Commissione Scientifica Nazionale per l’Antartide, presidente@csna.it
- Sauro Turroni, Rappresentante del Ministero dei Beni e delle Attività Culturali e del Turismo, sauroturroni@gmail.com